El actual templo se inauguró en enero de 1962. Está a cargo de la Orden de los Hermanos Menores Capuchinos, de la Orden Franciscana.
Dirección: Av. Libertad 4045, barrio Nueva Pompeya
Fue proyectado por el arquitecto Ernesto Lopardo y la Sociedad Central de Arquitectos, y construido por el ingeniero Juan Barci y Manuel Madanes. En la esquina de Av. Libertad y Funes se puede observar la capilla primitiva.
Es de estilo neo-románico ecléctico. El estilo románico se desarrolló en Europa entre fines del siglo X y principios del siglo XIII. Su planta tiene forma de cruz latina, y está conformada por una sola nave.
Ocupa la mitad de la manzana, sobre calle Olazábal entre Av. Libertad y Maipú. La otra mitad está ocupada por el colegio.
El exterior del templo y la torre campanario tienen muros de ladillo sin revocar. La excepción es el frente, que sí lo está.
El portal de acceso está enmarcado por un arco de medio punto de grandes dimensiones y varias arquivoltas, bajo una cubierta a dos aguas de tejas coloniales.
Las puertas a ambos lados presentan doble arco también de medio punto. Los nichos protegen las esculturas de San Pablo, Santa Verónica Juliani, San Antonio de Padua, San Lorenzo de Brindis, San Francisco de Asís y San Pedro, de izquierda a derecha.
Por encima de ellos, la fachada presenta un juego de molduras en revoques blancos y revestimiento de color rojo, en medio de los cuales se observa el rosetón principal entre pilastras muy esbeltas. Remata el frontis una escultura en marmolina de la Virgen de Pompeya, obra del francés Edmundo Cordurnet.
La cúpula del crucero es octogonal, símbolo de la resurrección de Jesús al octavo día, y responde a un concepto propio del estilo bizantino.
La torre de planta cuadrada alcanza 65 metros de altura, y cuenta con ocho pisos. En su planta baja está el antiguo bautisterio; en el séptimo nivel está el campanario.
Un mirador hacia los cuatro puntos cardinales rodea el coronamiento de la torre, que remata en una cruz. Se puede ascender por escalera o por ascensor
En el interior, los muros laterales presentan arcos, columnas y pilastras de doble altura. Por encima, una balaustrada recorre el perímetro del templo. Las ventanas laterales y el gran lucernario en la base de la cúpula del crucero, otorgan luz natural al templo.
La nave central presenta una bóveda de cañón con una sucesión de grandes arcos de medio punto, típicos del estilo románico, que se extiende hasta la bóveda octogonal que responde a la cúpula.
Del centro de ésta última pende la gran araña central, diseñada por el arquitecto Lopardo. Otras cuatro arañas menores completan el conjunto.
En el altar mayor, destaca un gran mosaico que reproduce la figura de Jesús de la pintura Cristo de San Juan de la Cruz
de Salvador Dalí. A ambos lados, cerámicas pintadas representan a San Francisco de Asís y Santa Clara de Asís. A la derecha del altar se encuentra la nueva pila bautismal.
El Camarín de la Virgen se ubica por sobre el altar mayor, y se aprecia desde la nave central.
En el ábside están representados la primitiva ciudad de Pompeya antes de su destrucción por la erupción del volcán Vesubio, y el actual Santuario y Basílica; y entre ambas escenas, la Virgen aparece triunfante surgiendo del mar.
Por el lateral derecho de la nave, se accede a la capilla del Santísimo Sacramento.
El coro, sobre las puertas de ingreso al templo, es iluminado plenamente a través del rosetón frontal.
La Parroquia de Nuestra Señora de Nueva Pompeya es Bien Patrimonial de municipio de General Pueyrredon.